在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研发没想到

1、从光敏培養人体细胞中生成DNA交连蛋清质

为了能溶合光热塑球脂肪酸-DNA混合物于LC-MS采取数据分析，写作者开发管理一堆种男变女纯化工作方案，可从DNA中祛除非你是热塑球脂肪酸，仅在照晒时实现随时DNA组了解丰度DNA热塑球脂肪酸。用TRIZOL祛除染色剂质并祛除入狱获的非热塑球蛋清，再将其坏点重新溶水以采取RNase消化酶系统。实现多普勒彩超截取视频所得税率球脂肪酸热塑DNA的祛除物，在硫氰酸胍中蒸煮男变女，并在二阳极氧化硅抽滤柱上严重洗滌以祛除非你是热塑球脂肪酸早以到位。实现核酸酶治理 从DNA中宣泄光热塑球蛋清，并采取胰球蛋清酶消化酶系统于LC-MS采取数据分析。该具体方法排列顺序为球脂肪酸热塑DNA祛除或XDNAX。

图1.球膳食纤维热塑DNA提现或XDNAX具体步骤图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可马上遇到DNA的蛋白酶质图谱

将光交连方式 适用于MCF7神经元，出现了1,805种获选淀粉酶酶，在这其中1,191种有着于3个或越多次相似中。60%的DNA上下级用组有带核酸配合的GO参考文献标注，在短缺核酸配合参考文献标注的淀粉酶酶质中，最多的突出贡献存在核纤层淀粉酶酶，另外是参与性印染质组织机构和神经元分列的淀粉酶酶质（图2）。

图2 . 可真接沾染 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3整理了DNA双方效应组所蕴含的球膳食纤维-DNA接口举例含盖的核苷酸化学交联肽。这以及犹豫（1）球状DNA综合组成域、（2）DNA 综合无章区（IDR）和（3）犹豫与其它球膳食纤维（列如组球蛋清综合球蛋清）、RNA（列如剪接因素）或相分离出来区室（列如核仁球蛋清）双方效应而引发的自然环境靠近。

图3 . 可直接性排斥 DNA的组成部分域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法细胞膜扰动期间里与DNA根据的转录细胞因子

雌皮质性缴素多巴胺受体α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，等你遭到其配体，重置易位到癌组织神经细胞，在这里它与染色体组中的某一区域中结合起来以激发某一的转录子程序。将血清饥饿的MCF7癌组织神经细胞暴漏于高药量雌皮质性缴素（10 nM 17β-雌二醇）4五几分钟，与仿真处里的差表癌组织神经细胞对比鸟卵的DNA彼此之间角色组（图4A）。里面，雌皮质性缴素激起后DNA彼此之间角色组中的ESR1加大了30倍（图4B）。总的我认为，在1,814个降钙素原检测的脂肪酸质-DNA彼此之间角色中，约有9%显现出大于2倍的不错转变，并洞察分析到与ESR1都具有彼此之间角色的脂肪酸如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌肾上腺素外理乳腺癌癌神经元 DNA 能够 功能组的酶联免疫法对比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

学习打开刺绣体组的球膳食纤维以明白它是怎么样才能被读入并付诸实际操作的，一只是科技探究工人一太久的向往。刺绣体组可及性主要的以DNA为中央的角度来进行学习，尽管，到日前就行，刺绣质抑菌凝胶中的那些球膳食纤维与DNA 时有发生电学间接用尚不清析。适用零多远光化学交联，可察觉到DNA间接用组中的大而言数球膳食纤维，XDNAX高技术将做为球膳食纤维-DNA间接用学习的更强生产工具。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、装饰组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

可以参考专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.