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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出广泛应用的生态学活性酶，以及抗淋巴肿瘤和抗虫毒帮助。一般是，三萜是根据甲羟戊酸经过结合的，并从天然水草本植物和真菌感染中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析方案小论文。该分析方案察觉三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是经由透明液体培养计划的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋生物学和转化了存在的。能够转录组和淀粉酶质组学技艺进1步摸索无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT存在2种灵芝粉粉酸（GA）的体制，并基于多个学技艺查测到的相互影响基因遗传和相互影响淀粉酶，预测出DHT 海洋生物学炼制 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功能性定义

在对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体确定转录组测序共到67230个转录本和14295个单遗传DNA组。在许多单遗传DNA组中，49俩被判定为不同展示遗传DNA组（DEGs），在这当中213个展示调涨，279个展示变动（图1A）。GO含有研究研究分析后，DEGs有菌物阶段（BP）、上皮血细胞组分（CC）和氧分子功能键（MF）3类。在BP类属中，导致了前六个子类属：抗菌素细化排泄阶段，冰醋酸盐排泄阶段和甲酸盐排泄阶段;而在CC类属中，上皮血细胞外区、突触软型体、突触结构特征是前六个亚类。对於MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、防氧化还原系统酶特异性和酸氨（或酰胺）联系酶特异性是前六个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG警报通道研究研究分析中，前30条含有度高的警报通道中含27条是一种排泄，在这当中二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄警报警报通道相关性含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和性能分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

可以经由对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体实现蛋清质组学介绍，共设来确定了16,457种独具特色肽、2606种蛋清质和2588种降钙素原检测蛋清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的挑选能力下，将在2606种蛋清质中，94种被鉴定结论为对比数据源解析体现出蛋清（DEPs），表中52种上浮，42种再降（图2A），图2C体现了对比数据源解析体现出蛋清的聚类数据源解析介绍热图。从GO介绍来谈，BP类型体现，大绝绝大多数的数DEPs体验醋酸钠盐新陈产生率时候、抗菌药转换新陈产生率时候和药转换新陈产生率时候。CC类DEPs在血神经元膜膜外区、过阳极氮化合物酶体和微体中覆盖率比较高，阳极阳极氧化替换酶活力酶和甲酸脱氢酶（NAD）活力酶在MF类中DEPs的百分比比较高（图2B）。与转录组結果类似，KEGG环路介绍体现，一些DEPs在新陈产生率中生物技术学生物技术学富集，表中3条最生物技术学生物技术学富集的途经是光合生物技术学中的碳紧固、碳新陈产生率和MAPK电磁波环路（图2D）。不但，可以经由介绍GO数据源库的CC对DEPs实现亚血神经元膜膜追踪定位介绍和注脚（图2E），DEPs最关键的布局在血神经元膜膜质（40.66%）、血神经元膜膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），本体论上是GAs生物技术学生成的最关键的职位。

图2|蛋白酶质组的按量分析一下和能力证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物还原成和比组得票率DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个的差异体现表观遗传遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs做出聚类算法讲解，出现 mRNA和血清质相互间有15-7个调涨表观遗传遗传和5-7个降低表观遗传遗传，DEGs与他讲述的DEPs体现水平面呈正有关系，鉴于Pearson的有关系常数讲解，在转录组和血清质组相互间的检测到比较较高的有关系性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则效果体现，E组和C组17个DEGs的抒发平行距离同质性，表中9个为调整DEGs，2为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发的趋势与转录多组分析效果同一。

图3|核营养物质组的定量解析解析和功能表检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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