肾细胞癌（RCC）是世界范围内最常诊断的十种癌症之一，包括一系列广泛的组织学和遗传学亚型。透明图片肿瘤组织细胞肾肿瘤组织细胞癌（ccRCC）占肾癌死亡案例的75%。虽然局部ccRCC的治疗是手术切除或消融，但疾病晚期的治疗选择受到化疗耐药性的限制，导致研究驱动的靶向治疗出现。酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂的组合治疗已证明有效果。然而，这些治疗对肿瘤抑制和个体患者存活率的影响不同，这意味着需要新的选择来改善患者的预后。

2026年2月9日，新西兰华盛顿高校的丁莉（LI Ding）教导等在Cancer Cell发表了题为“Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness”的文章。该研究对213例患者的305个ccRCC肿瘤片段和166对邻近正常组织进行了企业病理学学、蛋清基因组组学和代谢转化组学的综合分析，揭示90%以上的明亮上皮神经元肾上皮神经元癌的瘤内异质性、肉瘤样和横纹肌样的基本特征、UCHL1的愈后社会价值。这项研究从分子水平对侵袭性组织病理学亚型进行了分层，以提供有效的治疗策略。

优秀文章分类：Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness

刊物：Cancer Cell

后果因素：50.3

公布時间：2023年1月

范例类型、：305个肿瘤片段和166对邻近正常组织

组学技术设备：定量蛋白质组+磷酸化蛋白质组+完整糖肽蛋白质组+靶向代谢组

设计设想

研究方案結果

01、单细胞核数据分析监定癌肿微学习环境、肉瘤样和横纹肌样表述特性

作著应当将213例ccRCC病例探究分析一下划分为每种组织化化病检学亚型，包含分低化ccRCC（CL）肉瘤、高多样性ccRCC（CH）肉瘤包括CH组中的肉瘤样基本表现英文组（CH-S）、横纹肌样基本表现英文组（CH-R），相结行了终合多个学探究分析一下。采用横纹肌样、肉瘤样、多结节性和半透化等对应基本表现英文采用了4例爱美者，能够 snRNA-seq对1两个肉瘤段落实行转录组学肉瘤内异质性（ITH）探究。应用场景转录组学大数据，探究会发现了了肉瘤和肉瘤微场景（TME）区室中的组织化ITH（图1A–C）。肉瘤样多样性也是种生存率缺陷的基本表现英文，在C3N-00148中呈不相同的节段分布图制作。C3N-00148的路径规划探究分析一下体现了了不相同派系中节段的含有异同，分折了seg3中肉瘤亚群的后来最终进化，并含有了与路径规划派系相对性应的Hippo移动信号径路（图1D）。在C3N-01287中会发现了的其他种生存率缺陷的ccRCC组织化化学表型（横纹肌样）与半透组织化区分句，snRNA-seq将有两种肉瘤基本表现英文做为不相同的组织化簇采集（图1E）。

图1 单线程RNA-seq图谱签定（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

02、甲基1亚型的DNA高甲基化与BAP1变化、低存在率涉及的特色关以

DNA甲基化标示的减退被相信是恶性肿瘤发生了的所以，金星由于这些原因情况。事前的泛RCC什么是人类基因组研发了解现示，DNA甲基化增多与ccRCC也就不好效果互相具备强涉及联（图2A-B）。由此研发了解工人实现延伸列队数据资料进那步不断探索，实现DE了解筛分获取了上涨什么是人类基因-UCHL1（图2C），并可根据进那步了解感觉UCHL1除开饱含甲基1亚型外，还与BAP1变化体和wGII-high类属有明显涉及（图2D-F）。后面，采用上色法对UCHL1来进行定性分析（图2I-J）。由此可见，UCHL1在肾细胞系癌上极具固定的效果实用价值。

图2 DNA高甲基化的甲基1亚型的特征英文（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

03、ccRCC核蛋白磷酸性反应的增加

想要确保ccRCC中最为关键的的磷过酸无线警报环路，本探讨凭借磷过酸营养素质组学探讨了症状提取激酶-底物（K-S）改善的磷过酸无线警报无线网络，含盖了110例症状提取DIA的EXP链表病列和103例症状提取TMT的INI链表病列（图3A）。聚类算法性探讨感觉4种主耍的ccRCC磷过酸营养素质组亚型（P1-P4），并凭借PTM-SEA42探讨阐述了磷酸亚型的不一样的症状（图3B-C）。于此，探讨感觉AZD-1775、TAK-228和Trametinib对受损细胞系症状出最合适的控制症状，而Everolimus和Gefitinib对其磷过酸相关无线警报的影向最少（图3D）。

图3 磷过酸蛋清质组学阐述（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

04、分不高化ccRCC和高多样性ccRCC核蛋白糖基化的改进

恶性癌症血细胞面上淀粉酶的失败糖基化也可以影向几种菌物基本功能，本理论研究利用完好糖肽（IGPs）淀粉酶质组学分折明确了ccRCC癌症和NATs中5一个大概调整的IGPs和13一个大概再降的IGPs（图4A）。中仅，是来自于4类糖淀粉酶（FN1、FBLN5、BGN和TNC）的4类IGPs表現出差别癌症和非癌症组织开展的意识（图4B）。调整的糖肽蕴含岩藻糖或口水酸-岩藻糖聚糖，而再降的糖肽蕴含高聚糖、口水酸聚糖或的聚糖。糖肽丰度在淀粉酶质水平静糖基化两队面都感受到有差异聚糖的调（图4C-D）。一同，据数据源分折看到了ccRCC六种关键的糖淀粉酶质组亚型、3个完好的糖肽簇甚至HYOU1成为愈后标志的竞争力（图4E-G）。

图4 完美糖肽球脂肪酸组学剖析（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

05、分不高化ccRCC和高细分ccRCC的代谢转化特征描述

肾癌与排泄率物的转换重视相应的内容，直接语言编程的肿癌排泄率是胃癌的的很重要象征，主要形式为排泄率物丰度和构成的的转换。因，钻研者们对550个ccRCCs和5个NATs的各种各样排泄率路经的183种排泄率物对其进行了高置信度的量化阐述，认为高等别肿癌和中低级别肿癌的排泄率症状英文有更为显著的不同（图5A-C）。依照排泄率组学和蛋白质染色体组学观看到精氨酸和脯氨酸排泄率的更为显著的影响，涉及到排泄率物和相应的内容酶的精氨酸生物制品生成和尿素溶液反复的（图5F）。源于两组学阐述认为50个肿癌含有45个形成与众不同的分析方法症状英文，认为ccRCC中显著的的瘤间异质性（图5H）。

图5 靶向治疗代谢转化组学介绍（图源：Li Y, et al., Cancer Cell, 2023）

下面个人总结

这些实验定性分析用组建安排疾病学和几组学定性分析了肾内部癌特点简述长效机制。各举，组建安排学异质性的考察植物可是与潜在性的氧分子式异质性重视涉及到的，但氧分子式异质性也超乎了在看得出组建安排横向上考察植物到的依据。本实验定性分析简述了肾内部癌的蛋白质组学特点简述，为进两步实验定性分析保证了丰厚的资料，能否促进改革方法实验定性分析的变为，以改善萎缩性肾内部癌病号的生存率。

拜谱菌物个人总结

为了获得最全面的ccRCC肿瘤的信息，本研究通过多组学分析的手段整合了ccRCC不同的组织学特征，揭示了驱动ccRCC的分子机制，并为选择有效的治疗手段提供参考。拜谱生物作为组学领域的领军企业，最新引进了Orbitrap Astral质谱仪，并提升了DIA化学发光法蛋清质组、磷酸性反应绘制蛋清质组、完正糖肽蛋清质组学、半胱氨酸绘制蛋清质组等蛋清组学保障，为多组学联合分析打下坚实的基础，欢迎大家咨询！

借鉴文献综述：Li Y, Lih TM, Dhanasekaran SM, et al. Histopathologic and proteogenomic heterogeneity reveals features of clear cell renal cell carcinoma aggressiveness. Cancer Cell. 2023;41(1):139-163. doi: 10.1016/j.ccell.2022.12.001.